在蒙古族医学理论指导下配制和应用的药物称为蒙药。它主要来源于天然药物及其加工品。其植物药约占70%，蒙药与国内其他少数民族药一样，是祖国传统医药的重要组成部分，它独具药性强，服用量少的特点。　　

蒙医学以阴阳五行、五元学说理论为指导，贯穿了人与自然的整体观。内容包括三根理论、七素三秽的物质基础、辩证施治的基本方法等。

1、三根 “赫依”、“希目”、“巴达干”为三根，是人体的本基。蒙医用三根的动态关系来解释人体的生理、病理现象。其中，“赫依”属五元之气，中性，是生命活动（包括语言思维）动力的支配者；“希日”属五元之火，是机体阳或热能的基物；“巴达干”属五元之土和水，是机阴或寒性的基物。它们单一偏盛、偏衰或紊乱即导致疾病，偏盛时表现功能亢进，偏衰时表现功能衰弱，偏盛达极点或有他根的干扰时变为紊乱，则表现功能错乱。在正常生理状态下三者协调一致，互依互约，保持动态平衡。若其中之一发生量的改变，即此根病变，进而可导致三者间平衡失调，产生各种较复杂的病理变化。　

2、七素 又称七精。分别为精华、血、肉、脂、骨、髓及红或白精，是机体的构成物质。七素与三根之间有着互依互养的关系，当三根变态时，体征表现在七素，反之七素反常时，三根失常或其平衡受到破坏。　　　

3、三秽 稠、稀、汗等三种排泄物，是七素生化过程中的产物，对诊治疾病有重要参照意义。　　

4、蒙医辩证施治 主要内容包括治则、立法、处方、疗术等。通过寒或热药平息，峻或缓攻泻，刚或柔外治，宜或忌食谱，重或轻起居等十种措施，根据病情采用熟、清、解、温、补、节及生活习俗的关系，时刻不得忽视。　　　

此外，尚有“脏腑说”、“黑、白脉说”、“温病理论学说”和治疗方法，指导着蒙医临床实践。