(一)联盟的组织机构

理事会为本联盟的决策机构，专家委员会为本联盟的咨询机构，秘书处为本联盟常设执行机构。
赤峰天奇制药有限责任公司为本联盟理事长单位，并作为本联盟对外承担责任的主体，代表联盟与相关政府管理部门签订科技计划项目任务书等文件。
本联盟需要对外签署的其他文件，可由相关联盟成员就具体事项协商一致后，共同出具授权委托书，委托联盟理事长单位签署。

(二)理事会的组成、职责和议事规则

1、理事会的组成
所有缔约方均为理事单位。缔约方各指派一名代表共同组成联盟理事会，内蒙古天奇中蒙制药股份有限公司的代表为理事长。

2、理事会的职责
根据专家委员会建议，决定联盟产业技术创新方向和目标；
研究制定联盟科技规划，拟定联盟年度科技计划；
决定协议书及其附件的修订、完善、补充等事宜；
讨论决定联盟知识产权管理及科技成果转化收益分配方案；
讨论决定联盟项目立项、筹资、运行、验收等事项；
讨论决定联盟成员管理、机构设置等重大事项；
监督并审计联盟经费及财务运行状况；
建立成员间共商机制，协调成员在协议框架内的合作关系；
联盟内其他重大事项。

3、理事会议事规则
年会。联盟理事会每年春季召开年会。年会由全体理事、专家委员会成员以及特邀代表、成员单位其他人员等参加。年会由联盟秘书处筹备，理事会主持。
专题研讨会。每两年举办一次中蒙药产业发展专题研讨会。由专家委员会提出课题，除理事会全体成员、专家委员会全体委员外，应邀请业界专家、学者及政府部门官员、行业企业家等参加。
项目论证会。对联盟的科技项目或生产项目集中论证，由专家委员会委员主持。
理事会决议。理事会形成的意见以决议形式发布。理事会决议
在联盟内具有普遍约束力和影响力。
协议补充条款。经理事会许可并授权签署的成员之间的协议，作为共同协议书的附件，具有同等的法律效力。